OligoNem – Méthodes in situ d'évaluation de la qualité des sédiments à l'aide des oligochètes et des nématodes

OligoNem – Méthodes in situ d'évaluation de la qualité des sédiments à l'aide des oligochètes et des nématodes

Les sédiments jouent un rôle décisif dans les cycles biogéochimiques et les processus se déroulant au niveau benthique sont l'un des fondements des chaînes alimentaires aquatiques. Mais les sédiments sont souvent contaminés et, en tant que puits à polluants, ils peuvent représenter un danger pour les communautés benthiques. Même lorsque l'eau semble de bonne qualité, les sédiments sous-jacents peuvent perturber le fonctionnement de l'écosystème. Il est donc primordial d'évaluer la qualité des sédiments afin de déterminer le risque pour les écosystèmes aquatiques. Les systèmes intégrés d'appréciation de cette qualité se basent à la fois sur des analyses physico-chimiques et écotoxicologiques et sur la mesure d'indices in situ qui rendent compte de la diversité et de la sensibilité des communautés macrobenthiques. Les oligochètes et les nématodes sont des acteurs de premier rang dans cette démarche. Pour permettre une utilisation plus générale de tels indices, il est prévu d'améliorer celle de l'indice oligochètes français IOBS en le complétant de nouvelles méthodes génétiques de surveillance (comme le barcoding moléculaire) facilitant l'identification taxonomique. D'autre part, les possibilités d'établir en Suisse l'indice nématodes allemand NemaSPEAR seront évaluées.

Publications

Vivien, R., Ferrari, B.J.D., Pawlowski, J. (2016) DNA barcoding of formalin‑fixed aquatic oligochaetes for biomonitoring. BMC Res Notes 9:342 DOI 10.1186/s13104-016-2140-1
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Vivien, R., Lejzerowicz, F., Pawlowski, J. (2016) Next-Generation Sequencing of Aquatic Oligochaetes: Comparison of Experimental Communities. PLoS ONE 11(2): e0148644
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Vivien, R., Lafont, M. (2015) Note faunistique sur les oligochètes aquatiques de la région genevoise et de Suisse. Revue suisse de Zoologie, 122:207-212
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Contact

Dr. Benoît Ferrari
Dr. Benoît Ferrari Envoyez un message Tel. +41 (0) 21 693 5993

Chercheurs impliquées

Actualités

29. novembre 2016

Les oligochètes indicateurs de la qualité des sédiments

Les oligochètes aquatiques se prêtent bien à l'évaluation biologique de la qualité des sédiments mais les difficultés de détermination des espèces font obstacle à leur utilisation en routine en tant qu'indicateurs. Une approche basée sur les codes-barres génétiques pourrait faciliter cette détermination et promouvoir l'essor de la méthode.

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