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De nombreux micropolluants se déversent dans les fleuves et rivières avec les rejets des stations d'épuration. Là, il semble qu'ils ne portent pas seulement atteinte à certaines espèces mais perturbent également les fonctions de l'écosystème aquatique, affectant par exemple la dégradation des débris végétaux.

Un monitoring combinant plusieurs approches montre que les petits cours d'eau suisses sont souvent fortement pollués par les produits phytosanitaires. Le risque écotoxicologique dû aux mélanges de polluants était élevé dans quatre des cinq sites étudiés et la qualité de l'eau a ainsi été jugée mauvaise. Par ailleurs, le danger persistait pendant une grande partie de la saison de végétation, privant les organismes aquatiques de périodes de régénération.

Le Centre Ecotox a établi une liste de substances organiques prioritaires pour la surveillance de la qualité des sédiments. Elle servira de base au module Sédiments du système modulaire gradué.