
OligoNem – Méthodes in situ d'évaluation de la qualité des sédiments à l'aide des oligochètes et des nématodes
Les sédiments jouent un rôle décisif dans les cycles biogéochimiques et les processus se déroulant au niveau benthique sont l'un des fondements des chaînes alimentaires aquatiques. Mais les sédiments sont souvent contaminés et, en tant que puits à polluants, ils peuvent représenter un danger pour les communautés benthiques. Même lorsque l'eau semble de bonne qualité, les sédiments sous-jacents peuvent perturber le fonctionnement de l'écosystème. Il est donc primordial d'évaluer la qualité des sédiments afin de déterminer le risque pour les écosystèmes aquatiques. Les systèmes intégrés d'appréciation de cette qualité se basent à la fois sur des analyses physico-chimiques et écotoxicologiques et sur la mesure d'indices in situ qui rendent compte de la diversité et de la sensibilité des communautés macrobenthiques. Les oligochètes et les nématodes sont des acteurs de premier rang dans cette démarche. Pour permettre une utilisation plus générale de tels indices, il est prévu d'améliorer celle de l'indice oligochètes français IOBS en le complétant de nouvelles méthodes génétiques de surveillance (comme le barcoding moléculaire) facilitant l'identification taxonomique. D'autre part, les possibilités d'établir en Suisse l'indice nématodes allemand NemaSPEAR seront évaluées.
Publications
Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Lafont, M. & Ferrari, B.J.D. (2020) High-throughput DNA barcoding of oligochaetes for abundance-based indices to assess the biological quality of sediments in streams and lakes. Scientific Reports 10, 2041. https://doi.org/10.1038/s41598-020-58703-2Download Artikel [PDF, 1164 kb]
Vivien, R., Casado-Martinez, C., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2020) Effect Thresholds of Metals in Stream Sediments Based on In Situ Oligochaete Communities. Environments 2020, 7, 31; doi:10.3390/environments7040031Download Artikel [PDF, 691 kb]
Vivien, R., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2020) Assessment of abundance and community composition of benthic macroinvertebrates: recommendations for improved sampling, fixation and extraction of oligochaetes. Archives des Sciences, 71, 37-44Download Artikel [PDF, 726 kb]
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Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2019) Testing different (e)DNA metabarcoding approaches to assess aquatic oligochaete diversity and the biological quality of sediments. Ecological Indicators, 106, 105453Download von Sciencedirect
Vivien, R., Lafont, M., Werner, I., Laluc, M., Ferrari, B.J.D. (2019) Assessment of the effects of wastewater treatment plant effluents on receiving streams using oligochaete communities of the porous matrix. Knowl. Manag. Aquat. Ecosyst. 2019, 420, 18Download Artikel [PDF, 361 kb]
Lefrançois, E., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Blancher, P., Botreau, S., Chardon, C., Crepin, L., Cordier, T., Cordonier, A., Domaizon, I., Ferrari, B.J.D., Guéguen, J., Hustache, J.-C., Jacas, L., Jacquet, S., Lacroix, S., Mazenq, A.-L., Pawlowska, A., Perney, P., Pawlowski, J., Rimet, F., Rubin, J.-F., Trevisan, D., Vivien, R., Bouchez, A. (2018) Development and implementation of eco-genomic tools for aquatic ecosystem biomonitoring: the SYNAQUA French-Swiss program. Environmental Science and Pollution Research https://doi.org/10.1007/s11356-018-2172-2Download sur Springer
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Vivien, R., Holzmann, M., Werner, I., Pawlowski, J., Lafont, M. and Ferrari, B.J.D. (2017) Cytochrome c oxidase barcodes for aquatic oligochaete identification: development of a Swiss reference database. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.4122Download l'article [PDF, 451 kb]
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Vivien, R., Lejzerowicz, F., Pawlowski, J. (2016) Next-Generation Sequencing of Aquatic Oligochaetes: Comparison of Experimental Communities. PLoS ONE 11(2): e0148644
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Vivien, R., Lafont, M. (2015) Note faunistique sur les oligochètes aquatiques de la région genevoise et de Suisse. Revue suisse de Zoologie, 122:207-212
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