OligoNem – Méthodes in situ d'évaluation de la qualité des sédiments à l'aide des oligochètes et des nématodes

Les sédiments jouent un rôle décisif dans les cycles biogéochimiques et les processus se déroulant au niveau benthique sont l'un des fondements des chaînes alimentaires aquatiques. Mais les sédiments sont souvent contaminés et, en tant que puits à polluants, ils peuvent représenter un danger pour les communautés benthiques. Même lorsque l'eau semble de bonne qualité, les sédiments sous-jacents peuvent perturber le fonctionnement de l'écosystème. Il est donc primordial d'évaluer la qualité des sédiments afin de déterminer le risque pour les écosystèmes aquatiques. Les systèmes intégrés d'appréciation de cette qualité se basent à la fois sur des analyses physico-chimiques et écotoxicologiques et sur la mesure d'indices in situ qui rendent compte de la diversité et de la sensibilité des communautés macrobenthiques. Les oligochètes et les nématodes sont des acteurs de premier rang dans cette démarche. Pour permettre une utilisation plus générale de tels indices, il est prévu d'améliorer celle de l'indice oligochètes français IOBS en le complétant de nouvelles méthodes génétiques de surveillance (comme le barcoding moléculaire) facilitant l'identification taxonomique. D'autre part, les possibilités d'établir en Suisse l'indice nématodes allemand NemaSPEAR seront évaluées.

Publications

Pesce, S., Ferrari, B.J.D. et al. (2019) Recommandations d’un collectif franco-suisse d’experts pour une meilleure évaluation de la qualité écotoxicologique des sédiments par l’étude des communautés benthiques. Sciences Eaux & Territoires 55, 1-9
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Lefrançois, E., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Blancher, P., Botreau, S., Chardon, C., Crepin, L., Cordier, T., Cordonier, A., Domaizon, I., Ferrari, B.J.D., Guéguen, J., Hustache, J.-C., Jacas, L., Jacquet, S., Lacroix, S., Mazenq, A.-L., Pawlowska, A., Perney, P., Pawlowski, J., Rimet, F., Rubin, J.-F., Trevisan, D., Vivien, R., Bouchez, A. (2018) Development and implementation of eco-genomic tools for aquatic ecosystem biomonitoring: the SYNAQUA French-Swiss program. Environmental Science and Pollution Research https://doi.org/10.1007/s11356-018-2172-2
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Vivien, R., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2018) Simultaneous preservation of the DNA quality, the community composition and the density of freshwater oligochaetes for the development of genetically based biological indices. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.6050
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Vivien, R., Holzmann, M., Werner, I., Pawlowski, J., Lafont, M. and Ferrari, B.J.D. (2017) Cytochrome c oxidase barcodes for aquatic oligochaete identification: development of a Swiss reference database. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.4122
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Vivien, R., Ferrari, B.J.D., Pawlowski, J. (2016) DNA barcoding of formalin‑fixed aquatic oligochaetes for biomonitoring. BMC Res Notes 9:342 DOI 10.1186/s13104-016-2140-1
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Vivien, R., Lejzerowicz, F., Pawlowski, J. (2016) Next-Generation Sequencing of Aquatic Oligochaetes: Comparison of Experimental Communities. PLoS ONE 11(2): e0148644
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Vivien, R., Lafont, M. (2015) Note faunistique sur les oligochètes aquatiques de la région genevoise et de Suisse. Revue suisse de Zoologie, 122:207-212
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