SYNAQUA – bio-surveillance des écosystemes aquatiques
Dans le projet Interreg SYNAQUA (SYNérgie transfrontalière pour la bio-surveillance et la préservation des écosystèmes AQUAtiques) les chercheurs suisses et français developpent les outils génétiques de la bio-surveillance des écosystemes aquatiques. Cette approche innovante est basée sur une reconnaissance d'organismes bio-indicateurs présents dans l’environnement aquatique directement par des séquences d’ADN, comme des barcodes génétiques. Une nouvelle méthode d’analyse de l’ADN environnemental permettra d’élaborer les outils robustes et fiables pour calculer des indices moléculaires ou notes de la qualité écologique du milieu aquatique et d’optimiser ainsi les pratiques courantes de bio-indication.
Le projet SYNAQUA se focalisera en particulier sur deux groupes d'organismes bioindicateurs des milieux aquatiques: les diatomées et les oligochètes, qui seront utilisés pour la première fois en combinaison pour l’évaluation des écosystèmes aquatiques. Ces deux bioindicateurs sont utilisés classiquement dans la bio-surveillance en France et en Suisse. Les diatomées sont des microalgues d'eau douces et sont indicatrices de la pression en nutriments et matière organique. Les oligochètes sont des invertébrés benthiques qui se développent pour leur part dans les sédiments et sont indicateurs de leur qualité. Le projet SYNAQUA s’articulera autour de quatre axes principaux :
- La validation de la méthode moléculaire
- Le développement d’un indice ADN standardisé de la qualité de l’eau. Cette approche sera testée sur les rivières françaises et suisses, ainsi que sur les zones côtières du Léman.
- La sensibilisation des professionnels et du grand public aux avantages de la génomique environnementale
- L’amélioration d’efficience de la politique publique de protection de l’environnement.
Synthèse workshop
Strategy for Successful Integration of eDNA-based Methods in Aquatic Monitoring
Video
Résultats
Tous les résultats de SYNAQUA sont disponibles en ligne.
Publications
Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Lafont, M. & Ferrari, B.J.D. (2020) High-throughput DNA barcoding of oligochaetes for abundance-based indices to assess the biological quality of sediments in streams and lakes. Scientific Reports 10, 2041. https://doi.org/10.1038/s41598-020-58703-2
Download Artikel [PDF, 1164 kb]
Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2019) Testing different (e)DNA metabarcoding approaches to assess aquatic oligochaete diversity and the biological quality of sediments. Ecological Indicators, 106, 105453
Download von Sciencedirect
Lefrançois, E., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Blancher, P., Botreau, S., Chardon, C., Crepin, L., Cordier, T., Cordonier, A., Domaizon, I., Ferrari, B.J.D., Guéguen, J., Hustache, J.-C., Jacas, L., Jacquet, S., Lacroix, S., Mazenq, A.-L., Pawlowska, A., Perney, P., Pawlowski, J., Rimet, F., Rubin, J.-F., Trevisan, D., Vivien, R., Bouchez, A. (2018) Development and implementation of eco-genomic tools for aquatic ecosystem biomonitoring: the SYNAQUA French-Swiss program. Environmental Science and Pollution Research https://doi.org/10.1007/s11356-018-2172-2
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Vivien, R., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2018) Simultaneous preservation of the DNA quality, the community composition and the density of freshwater oligochaetes for the development of genetically based biological indices. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.6050Download l'article [PDF, 232 kb]
Vivien, R., Holzmann, M., Werner, I., Pawlowski, J., Lafont, M. and Ferrari, B.J.D. (2017) Cytochrome c oxidase barcodes for aquatic oligochaete identification: development of a Swiss reference database. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.4122Download l'article [PDF, 451 kb]
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